本莲寺是由本经寺的日惠上人于 1620 年创建的日莲宗的寺庙。最初，这里是日本最早的麻风病医院圣地牙哥医院和圣若昂福若瑟教会的所在地。本莲寺因地域广阔，后与大音寺、皓台寺并称为长崎三大寺。此外，该寺还是胜海舟在长崎海军传习所学习航海技术和炮术时居住的寺庙，因此广为人知。

     本莲寺曾是长崎的历史和文化中心，但因原子弹爆炸被烧毁。原子弹投下时，虽然只有主殿的屋顶瓦片被炸飞，但不久之后，寺庙的大门和住持的住所也烧了起来。在主殿大门着火前，主殿里就已经冒出了白烟，一旦起火，火势就非常猛烈。存放在主殿后面库房里的寺庙珍宝也全被烧成灰烬。

     本莲寺的铁轮树也燃烧了三天，当大家以为它再也不会发芽时，它竟然发芽了。据说，铁轮树的上半部分被烧毁后，其残留的根部长出了许多树干，长成现在的样子。这棵铁轮树生长状态良好，树干枝繁叶茂。本莲寺非常爱惜这棵铁轮树。