现在的长崎大学医学部的前身是长崎医科大学，其医学教育的源流可以追溯到江户时代末期的医学传习所（1857年）。迁移至现在地址之处是在1891年，从此这里一直占据着长崎医学教育中心的地位。1902年在现地址处开设了临床讲课和学生实习的医院。原子弹爆炸时大学名叫长崎医科大学，是1923年改名的。

     长崎医科大学附属医院原来在现在的长崎市坂本一丁目，长崎大学医院和长崎大学齿学部的大院内。为了免遭空袭，在钢筋混凝土结构的建筑物屋顶涂装有红十字字样，让人从空中可以看到这是一家医院，还在外墙实施了伪装等。但是，这里距离爆炸中心地只有0.7公里，所以遭受到极为严重的伤害。

     有许多教授和护士在爆炸中死亡，特别是还包括有当时正在面向爆炸中心地北侧的大楼里做门诊的大学校长角尾晋。包括邻近的基础部校园，学生和教职员工等遇难者达898人。

     当时在朝向非爆炸中心地一侧的南侧大楼里的教授们，不顾自己受着伤，即可投入到需要救助的救其他被爆者的救援工作中，并恢复了医学教育。

     长崎医科大学诊所的樟树位于医院内离爆炸中心地最远的南侧，在朝向爆炸中心地方向有钢筋混凝土结构的病房大楼阻挡，所以虽然树的枝叶被炸飞了，但战后很快长出新芽，现在还能结出许多果实。

     周围的建筑物虽然有了很大的变化，但在长崎大学齿学部本馆大楼的正门处形成了一个巨大的天篷，我们继续守护者世界上唯一一所经历过原子弹被爆的医学院。