山王神社大樟树生长在长崎市坂本二丁目山王神社的院内。

     在山王神社院落的前面，有一条江户时代的古代道路，叫做浦上街道。从那时起，或许这两棵大樟树就已经是往来于这条古道上的人们乘荫纳凉和休息之所了。

     明治时代以后，山王神社的社格*是浦上山里村的村级神社，后来成为长崎县的县级神社。据报道，战争时期，山王神社参拜道的阶梯曾经是当地军人和国防妇人会集体合影的场所。另外，据传当地的孩子们为了祈求战争胜利，在每个月的8日都会去山王神社祈祷。（（*神社的等级。二战以后，神社脱离国家管理后，神格制度废除）

     1945年8月9日在长崎投下原子弹的时候，位于距离爆炸中心地大约800米处的山王神社，包括大殿在内的所有建筑物都倒塌了，大樟树的树枝和树叶也被一扫而光，只剩下一个粗粗的烧焦的树干，如同枯死树木一般。然而，在原子弹轰炸后过了大约两个月，大樟树又发出了新芽，当时树木发芽时的情景被拍照下来。后来，大樟树继续稳步复苏，用了多年时间完全复活，又成为一棵枝叶茂盛的大樟树。

     据说，那时候这一带完全都被原子弹摧毁，人们失去了亲人，四处彷徨，无安身立命之所，正是这棵大樟树顽强的生命力给了人们勇气。

     三座之居是神社神圣区域的入口，由于原子弹爆炸而倒塌，所以人们就在这两棵大樟树系上稻草绳，代替鸟居，起到了分隔神社神圣区域和外面的作用。

     这两棵大樟树树干的上部都被原子弹的冲击波给炸断了，但后来树干和大树枝还是在生长，形成了现在东西40m、南北25m的大树冠。

     在这两棵树的树干内部，可以看到原子弹造成的损坏和树龄导致的腐烂，因此，观看位置不同，看到的树干洞大小不一，有的位置可以看到相当于树干一半的深度。2006年，因为台风造成了大树枝的树干折断灾害。直至今天，在山王神社和信众们以及树木医生的保护下，两棵大樟树仍然维持着枝叶茂盛的树势，静静地守护着这个地区。

     这两棵大南树与被原子弹冲击波摧毁而成为了一根柱子的鸟居同样，是向人们讲述长崎原子弹爆炸破坏的象征性存在。